轉錄組作為連接基因遺傳信息與蛋白功能執行的核心樞紐，一直是科學家們關注的焦點，隨著科學探索的不斷深入，研究人員發現癌癥等復雜疾病往往伴隨著大量可變剪接 (AS) 事件的發生，準確表征AS產生的全長轉錄異構體對于生物學和疾病研究至關重要。傳統基于二代短片段測序的bulk RNA-seq必須通過算法來推斷原始轉錄本異構體，但由于可變剪接的復雜性，許多異構體具有高度相似的結構，推斷的轉錄本往往不準確。而使用PacBio Kinnex全長轉錄本串聯測序無需cDNA片段化和復雜轉錄本組裝即可得到高通量的全長轉錄異構體序列信息，從而實現更為準確高效的全長轉錄異構體檢測。

01 Kinnex full-length RNA產品優勢

01. 長讀長直接獲取全長轉錄本信息
Long reads                                     
長讀長可直接獲得從5'至3'端的全長轉錄本信息，便于檢測到新基因和轉錄異構體。

02. 高準確性
High accuracy
HiFi測序的準確率可達99.9%（Q30），能夠準確表征可變剪接位點。

03. 高性價比
Cost-effective                 
Kinnex全長轉錄組建庫方案使用8x cDNA串聯方式進行文庫構建，大幅提升了全長轉錄組的測序通量，降低了建庫測序的成本。

02 Kinnex全長轉錄組技術原理與流程

Kinnex 全長RNA試劑盒采用MAS-Seq方法來提高PacBio長讀長測序的通量。MAS-Seq 是一種將cDNA分子連接成較長片段的串聯方法。對串聯分子測序產生的 HiFi reads 進行生物信息學拆分，即可還原原始cDNA序列。Kinnex全長轉錄組建庫流程以RNA作為起始樣本，基于Iso-Seq方法生成全長cDNA，作為Kinnex full-length RNA試劑盒的輸入樣本，以8x cDNA串聯方式進行文庫構建，從而提高通量，減少測序成本，實現經濟高效的全長轉錄本測序。此外，Kinnex全長轉錄組建庫過程中可加入Barcode標簽信息，支持多樣本混樣測序，大大增加了不同數據量實驗需求的靈活性。
 

03 Kinnex full-length RNA數據表現

下表為UHRR樣本在PacBio的Revio和Vega長讀長平臺的Kinnex測試數據，結果表明，Kinnex數據具有高效的數據產出和良好的穩定性，每個樣本檢測到的基因數均>20,000，轉錄異構體>100,000，其中多數為新發現的轉錄異構體，極大的豐富了新轉錄本的檢出。

04 Kinnex full-length RNA應用測序推薦

Kinnex全長轉錄本測序作為生物學和疾病領域研究的有力工具，可應用于多種場景。在人類疾病研究中，研究人員可用其識別與罕見疾病、表型性狀和神經系統疾病相關的異常剪接，用其發現癌癥驅動突變，融合基因和新表位，揭示癌癥疫苗研究的潛在候選靶點。在動植物基因組注釋中，亦可輔助進行物種綜合轉錄本注釋。下表為針對不同的研究項目和目標推薦的測序數據量參考，可根據實際需求調整。

訂購信息
Ordering Information
Kinnex 全長轉錄組建庫流程需要Iso-Seq express 2.0 kit (103-071-500)和Kinnex full-length RNA kit (103-072-000)兩款試劑盒配合使用。

隨著生命科學探索的逐步深入和測序技術的不斷進步，越來越多的研究人員采用基于Iso-seq的HiFi測序對全長轉錄本進行解析。例如，有研究人員通過全長轉錄異構體串聯測序檢測了兒童彌漫性中線膠質瘤與其鄰近非惡性組織相比的差異全長轉錄異構體表達，發現細胞外基質（ECM）基因在腫瘤樣本中顯著高表達（SPARC 基因的特定異構體表達量高出癌旁組織11,676倍），并表征了多個腫瘤特異性新型異構體¹。此外，還有研究人員使用基于Iso-Seq的全長轉錄本測序鑒定了海牛的新基因位點和轉錄異構體，強調了PacBio長讀長測序在轉錄異構體（isoform）分析中的核心優勢和使用高質量的轉錄本模型結合從頭算方法進行有效基因組注釋的重要性²。而Kinnex方法帶來的基于Iso-seq的高通量提升，將會極大程度的助力研究人員在疾病標志物、癌癥深度挖掘等多領域的科研探索突破，推動大規模的全長轉錄組研究。

參考文獻
1.Wijeratne, S., Gonzalez, M.E.H., Roach, K. et al. Full-length isoform concatenation sequencing to resolve cancer transcriptome complexity. BMC Genomics 25, 122 (2024). doi: 10.1186/s12864-024-10021-x
2.Paniagua A, Agustín-García C, Pardo-Palacios FJ. et al. Evaluation of strategies for evidence-driven genome annotation using long-read RNA-seq. Genome Res. (2025) Apr 14;35(4):1053-1064. doi: 10.1101/gr.279864.124.
 

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