Pipetty電動移液器在豬藍(lán)耳病毒檢測(實時RT-PCR)中的應(yīng)用_abio生物試劑品牌網(wǎng)

方案詳情:
一、實驗原理
實時RT-PCR 檢測豬藍(lán)耳病(PRRS),核心是針對豬藍(lán)耳病病毒(PRRSV,RNA 病毒)的實時 RT-PCR 技術(shù):先通過逆轉(zhuǎn)錄將病毒 RNA 轉(zhuǎn)為可擴增的 cDNA,再經(jīng) PCR 循環(huán)(變性、退火、延伸)使病毒靶序列指數(shù)級增長;過程中利用熒光物質(zhì)(如 TaqMan 探針)實時監(jiān)測,熒光信號隨靶序列增加同步增強;最終以熒光達(dá)閾值的循環(huán)數(shù)(Ct 值)判斷 —Ct 值越小病毒量越高,結(jié)合陰 / 陽性對照,實現(xiàn)對病毒的特異定量檢測。
二、? 實驗準(zhǔn)備
1、設(shè)配和材料
① Pipetty電動移液器MSIC01-03-250、MSIC01-02-1000及配套吸頭;
② 熒光PCR 儀;
③ 高速臺式冷凍離心機(4 ℃,離心速度 12 000 r/min 以上);
④ 混勻器;
⑤ 冰箱(2℃~8 ℃、-20 ℃和-70 ℃);

2、試劑和材料
① 商品化的 RNA 提取裂解液;
② 三氯甲烷;
③ 異丙醇(-20 ℃預(yù)冷);
④ DEPC 水;
⑤ 75%乙醇;
⑥ dNTPS(含 dATP、dTTP、dCTP、dGTP,各 10 mmol/L);
⑦ RT-PCR 反轉(zhuǎn)錄系統(tǒng):AMV或 M-MLV反轉(zhuǎn)錄酶、Taq酶;
⑧ PRRSV-1 實時 RT-PCR 引物與探針序列
引物與探針序列根據(jù) GenBank 中歐洲株 ORF6/ORF7 保守區(qū)域序列設(shè)計,引物的序列為:
上游引物 P1:5'-CAGATGCAGAYTGTGTTGCCT-3';
下游引物 P2:5'-TGGAGDCCTGCAGCACTTTC-3';
探針序列 P3:5'-(FAM)ATACATTCTGGCCCCTGCCCAYCACGT(TAMRA)-3';
⑨ PRRSV-2 實時 RT-PCR 引物與探針序列
引物與探針序列根據(jù) GenBank 內(nèi)美洲株 ORF7/3'UTR 保守區(qū)域序列設(shè)計,引物的序列為:
上游引物 P1:5'-GCACTGATTGACAYTGTGCC-3';
下游引物 P2:5'-CGCATGGTTCTCGCCAAT-3';
探針序列 P3:5'-(FAM)AGTCACCTATTCAATTAGGGCGACCG(TAMRA)-3'。

三、實驗步驟
1、樣本總 RNA 的提取
a) 取滅菌的 1.5 mL離心管,基于樣本數(shù)量進行編號。每管加入 600 μL 細(xì)胞裂解液,使用Pipetty電動移液器,設(shè)置連續(xù)分液功能,然后分別加入被檢樣本、陰性對照、陽性對照、空白對照(無核酸酶水)各 200μL,每加完一個試劑換用一個吸頭,再各加入 200 μL 三氯甲烷,在混勻器上振蕩混勻5 s。于4 ℃經(jīng) 12 000 r/min 離心 15 min。

b) 取相同數(shù)量滅菌的 1.5 mL離心管,加入 500μL異丙醇。吸取各管中的上清液(至少 500 μL)轉(zhuǎn)移至相應(yīng)的管中,并顛倒混勻。
c) 于4 ℃經(jīng) 12 000 r/min 離心 15 min,小心倒去上清液,倒置于吸水紙上吸干液體,然后加入600 μL 75%乙醇進行洗滌。
d) 于4 ℃、12 000 r/min 離心 10 min,小心倒去上清液,倒置于吸水紙上吸干液體。
e) 64 000 r/min 離心 10 s,將管壁上的殘余液體甩至管底部,用微量移液器吸干液體,室溫干燥3 min。
f) 使用Pipetty連續(xù)分液模式,加入 11 μL DEPC水,混勻模式,自動混勻,以溶解管壁上的 RNA,2 000 r/min 離心5s,置于冰上備用。提取的 RNA 應(yīng)在 2h內(nèi)進行 RT-PCR 擴增,否則應(yīng)置于-70 ℃冰箱保存。

2、分別使用引物和探針,檢測 PRRSV-1 和 PRRSV-2。實時 RT-PCR 反應(yīng)體系見表 3。設(shè)置混勻模式,將各種試劑充分混勻,2 000 r/min 離心 2 min。將 15 μL 實時 RT-PCR 反應(yīng)混合液加入 PCR 反應(yīng)管,然后加入 10 μL樣本 RNA 模板,密封反應(yīng)管,500 r/min 離心30s。將所有檢測樣本的PCR 管放入熒光 PCR 儀中。每次進行實時 RT-PCR 檢測均應(yīng)設(shè)陽性對照、陰性對照及空白對照。

3、反轉(zhuǎn)錄,42 ℃(AMV)或 50 ℃(M-MLV)30 min;預(yù)變性,92 ℃ 3 min;預(yù)擴增,92 ℃ 變性 10 s,45 ℃ 退火 30 s,72 ℃ 延伸 1 min,5 個循環(huán);擴增,92 ℃變性 10 s,60 ℃ 退火延伸 30 s,40 個循環(huán)。在擴增階段每次循環(huán)的 60 ℃ 退火延伸時收集熒光信號。
四、結(jié)果判定
1、試驗成立條件:陽性對照的 Ct 值應(yīng)<28 且出現(xiàn)特異性擴增曲線,陰性對照應(yīng)無 Ct 值或Ct 值≥40 且無特異性擴增曲線,試驗結(jié)果有效,否則,應(yīng)重新進行試驗。
2、被檢樣本 Ct 值≤30 且出現(xiàn)特異性擴增曲線,判為陽性;當(dāng)無 Ct 值或 Ct值≥40,判為陰性;當(dāng)30
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