核酸與蛋白質的相互作用是細胞內(nèi)眾多生理過程得以實現(xiàn)的決定性因素之一，了解哪些核酸和蛋白之間存在相互作用、闡明核酸與蛋白互作的位點(和可能的結構)，對于理解核酸-蛋白互作復合物在調(diào)節(jié)細胞過程或信號轉導途徑中所起的作用至關重要。目前可用于檢測核酸蛋白互作的技術很多，主要可分為兩類：以核酸為中心的檢測方法和以蛋白為中心的檢測方法。

以核酸為中心的檢測方法有酵母單雜交，ChIRP，RNA/DNA pull down等，此類技術可以檢測與特定核酸互作的多種蛋白。

酵母單雜交

原理：在報告基因啟動子上游添加目的DNA序列，將待測蛋白與AD（轉錄激活域）融合表達，若DNA與待測蛋白存在互作，則AD激活報告基因表達。

優(yōu)勢：能夠鑒定ChIP等技術難以檢測到的低豐度和組織特異性的蛋白，并能用來確定和細化蛋白具體結合位點，通過構建酵母單雜交文庫可以獲得眾多與特定DNA序列存在互作的蛋白或TF。

ChIRP

原理：利用核酸探針富集特定RNA，與RNA存在互作的染色質、蛋白、DNA等物質也被富集，利用測序或質譜等技術分析與RNA存在互作的蛋白和DNA等物質。

優(yōu)勢：既可用于研究RNA、蛋白質、DNA三種物質的互作，也可用于RNA-蛋白質、RNA-DNA（或RNA）兩種物質之間互作；利用CHIRP聯(lián)合MS或測序，可以在細胞中尋找與目的RNA存在互作的所有蛋白和DNA（或RNA）。

RNA/DNA pull down

原理：利用核酸探針直接富集與特定RNA或DNA互作的蛋白，利用質譜等技術分析與RNA/DNA存在互作的蛋白信息。

優(yōu)勢：實驗流程和周期較短，核酸探針設計范圍廣。